Cotton Fantasy sarnaneb sarja eelmiste mängudega, mille süsteemid on enamasti üle võetud mängust Cotton Reboot!. Lisaks traditsioonilistele külgkerimise etappidele on mängus ka tagantvaatega rajal olevad tasemed, mis sarnanevad Panorama Cottoni ja Rainbow Cottoni mängudega. Rebooti Jewel Feveri mehaanikat on ümber töötatud, kusjuures esemed kukuvad nüüd vaenlastelt maha iga kord, kui neid maagilised loitsud tabavad.
