Lugu algab sealt, kus Killzone 2 pooleli jäi – tigeda helghasti diktaatori Visariga, kes lamab surnult erivägede sõdurite Sevi ja Rico jalge ees. Lahing võib olla võidetud, kuid sõda pole kaugeltki läbi. Visari surm on jätnud maha poliitiliste intriigide, omavaheliste võitluste ja otseste mõrvade maailma. Samal ajal on tema hüvastijätukingitus, Helghani pealinnas Phyrussis detoneeritud tuumapomm, hävitanud ISA sissetungiväed. Kuna täiendusi pole ja varud saavad kiiresti otsa, peate nüüd üksi võitlema halastamatu helghasti sõjamasina vastu.
Kümme korda suuremate tasemetega kui Killzone 2-s, on see Helghan, mida te pole kunagi varem näinud. Teid ootab ees jõhker võitlus mitmetes keskkondades, mis ähvardavad teid surmavale planeedile matta. Killzone 3-s rühid läbi mürgiste tuumatühjamaade, eksid ära surmavas tulnukate džunglis, võitled karmides arktilistes tingimustes ja viid lahingu kosmosesse, võideldes helghastide ülemvõimu vastu – igal asukohal on oma eriline mängustiil, mida pead omandama.
Killzone 3 on täielikult mängitav stereoskoopilises 3D-režiimis, mis sukeldab sind sügavamale metsikusse maailma ja asetab sind tegevuse keskmesse. Kuid ole ettevaatlik. Kogedes seda maailma uskumatu kõrglahutusega stereoskoopilise 3D-pildiga, õpid kartma iga nurga taga varitsevat.
