Mario ja Luigi naudivad laisat pärastlõunat oma kodus, kui kuulevad kohutavat uudist: printsess Peach on röövitud!
Kaks venda suunduvad otse Bowseri lossi, et ta tagasi saada, kuid Bowser on Peachi röövimisest sama üllatunud kui nemad ise. Sel hetkel ilmub lavale kummaline silinderkübaraga kaabakas ja röövib kõik peale Mario.
Seejärel sunnib salapärane kaabakas Peachi ja Bowseri abielluma, luues tumeda energia lõhe, mis ähvardab universumi tükkideks rebida. Ainult Mario saab olukorra päästa ... aga ta ei saa seda üksi teha.
Paper Mario loo uusim peatükk pole lihtsalt siitilmast ... see on väljaspool seda dimensiooni.
See, mis esmapilgul tundub olevat Paper Mario universumi stiliseeritud lehekülgedelt otse rebitud kahemõõtmeline külgkerimise platvormmäng, muutub peagi lõbusaks dimensioone muutvaks platvormimänguks, mis on võimalik ainult Wii-l.
