Stāsts sākas 2036. gada 6. februārī, kad negadījums, kurā iesaistīti datori, iznīcina daudzas lielas pilsētas visā pasaulē. Milzīgā katastrofa tiek nosaukta par "2036. gada problēmu", taču tiek prognozēts, ka līdzīgs incidents notiks 2038. gadā. Zinātnieku grupa izmanto Gaia superdatoru, lai izveidotu "Zemes simulatoru", lai novērstu to, ka tā notiek, taču tā neizdodas, jo cilvēku dzimšanas potenciāls ir dramatiski samazinājies. Pēc tam zinātnieki ievieš "Arecibo Message" formulu Zemes simulatorā, veiksmīgi ievedot cilvēci citā pasaulē. Sākumā viņi ir satraukti, līdz saprot, ka cilvēki Zemes simulatorā paši ir radījuši citu Zemes simulatoru. Zinātniekiem sāk rasties aizdomas, ka tie patiesībā ir tikai Zemes simulatora produkts no radībām, kuras atrodas virs tām. Stāsta centrā ir Takaoka Pollons, hakeris, kuram ir iespēja "Saglabāt un ielādēt" kā videospēlē. Izmantojot savu uzlaušanas iedarbināšanas sistēmu, viņš var iejaukties apkārtējā pasaules līnijā.
