Cotton Fantasy spēlē līdzīgi kā iepriekšējās sērijas spēles, un tās sistēmas lielākoties ir pārņemtas no Cotton Reboot!. Papildus tradicionālajiem sānu ritināšanas posmiem spēlei ir arī aizmugures skata uz sliedēm līmeņi, kas ir līdzīgi Panorama Cotton un Rainbow Cotton. Jewel Fever mehāniķis no Reboot tika pārstrādāts, un tagad priekšmeti nokrīt no ienaidniekiem ikreiz, kad tos skar maģiskas burvestības.
