Deus Ex: Mankind Divided tieši seko Aug incidenta sekām – dienai, kad mehāniski uzlabotiem pilsoņiem visā pasaulē tika atņemta kontrole pār savu prātu un ķermeni, kā rezultātā gāja bojā miljoniem nevainīgu cilvēku. Ir 2029. gads, un augmentāciju zelta laikmets ir beidzies. Mehāniski uzlaboti cilvēki ir uzskatīti par atstumtiem un izolētiem no pārējās sabiedrības. Noziegumi un terora akti kalpo kā plāns plīvurs, lai slēptu visaptverošu sazvērestību, kuras mērķis ir kontrolēt cilvēces nākotni…
