Far Cry 3 spēlētāji iejūtas Džeisona Brodija vietā, kurš ir viens pats pasaules malā, kurš ir iesprūdis noslēpumainā tropiskā salā, kas ir atdalīta no civilizācijas. Šajā mežonīgajā paradīzē, kur nelikumības un vardarbība ir vienīgā drošā lieta, spēlētāji noteiks, kad, kur un kā norisinās spēles notikumi. Spēlētāji cirtīs, ložņās, detonēs un šaudīsies pāri salai pasaulē, kurā ir zudusi visa labā un ļaunā izpratne.
