Grand Chien, valsts ar bagātiem dabas resursiem un dziļu politisku šķelšanos, nonāk haosā, kad pazūd ievēlētais prezidents un paramilitārs spēks, kas pazīstams kā "Leģions", pārņem kontroli pār laukiem. Tagad prezidenta ģimene ir apvienojusi visus savus resursus, tostarp vienošanos ar ietekmīgo Adonis korporāciju, lai nolīgtu prasmīgu algotņu grupu, kuras uzdevums ir atrast prezidentu un atjaunot kārtību valstī. Spēlē Jagged Alliance 3 izvēlies no milzīga algotņu klāsta, katram ar savu unikālo personību, īpatnībām un pagātni. Pēc tam dodies ārā un izpēti Grand Chien, satiekot jaunus cilvēkus, pelnot naudu, attīstot savu komandu un galu galā pieņemot savus lēmumus, kas izšķirs valsts likteni.