Samusas stāsts turpinās pēc Metroid Fusion spēles notikumiem, kad viņa nolaižas uz planētas ZDR, lai izmeklētu noslēpumainu pārraidi, kas nosūtīta uz Galaktisko federāciju. Attālo planētu ir pārņēmušas ļaunas citplanētiešu dzīvības formas un vēsas mehāniskas briesmas. Samusa ir veiklāka un spējīgāka nekā jebkad agrāk, taču vai viņa spēj pārvarēt necilvēcīgos draudus, kas vajā ZDR? Stājies pretī nerimstošajiem EMMI robotiem — kādreiz DNS ieguves pētniecības iekārtas, iespaidīgā EMMI tagad medī Samusu. Spriedze ir augsta, izvairoties no šiem EMMI, lai izvairītos no nežēlīgas nāves, vienlaikus atrodot veidu, kā tos likvidēt. Uzziniet, kas pārvērta šos robotizētos brīnumus par ZDR postu, un aizbēgiet ar savu dzīvi. Sajūtiet Semusa spēku augšanu, gūstot manevrus un spējas — iegūstiet jaunas un pazīstamas spējas, šķērsojot šīs bīstamās pasaules daudzās vides. Parkour pāri šķēršļiem, slidiniet šaurās vietās, cīnieties ar ienaidniekiem un cīnieties cauri planētai. Atgriezieties apgabalos un izmantojiet savas jaunās spējas, lai atrastu uzlabojumus, alternatīvus ceļus un ceļu uz priekšu. Izpētiet plašo karti, izvairieties no EMMI robotiem un iznīciniet tos, kā arī pārvariet šausmas, kas nomoka ZDR.
