Mario un Luidži bauda nesteidzīgu pēcpusdienu savās mājās, kad dzird briesmīgās ziņas: princese Pīča ir nolaupīta!
Abi brāļi dodas tieši uz Bauzera pili, lai viņu atgūtu, bet Bauzers ir tikpat pārsteigts par Pīčas nolaupīšanu kā viņi paši. Tajā brīdī parādās dīvains ļaundaris cilindriski tērpies un nolaupa visus, izņemot Mario.
Pēc tam noslēpumainais ļaundaris piespiež Pīču un Bauzeru apprecēties, radot tumšās enerģijas plaisu, kas draud saplosīt Visumu. Tikai Mario var glābt situāciju... bet viņš to nevar izdarīt viens pats.
Jaunākā Paper Mario stāsta nodaļa nav tikai ārpus šīs pasaules... tā ir ārpus šīs dimensijas.
Tas, kas no pirmā acu uzmetiena šķiet 2D sānu ritināšanas spēle, kas izrauta tieši no stilizētajām Paper Mario visuma lapām, drīz vien pārvēršas par jautru dimensiju maiņas platformeri, kas iespējama tikai Wii konsolē.
