Jakuza 6 Kazuma Kirju uzzinās, cik daudz cilvēki ir gatavi upurēt ģimenes labā — vai tās būtu saites caur asinīm vai saitēm —, kad viņš izmeklēs virkni ēnainu notikumu, kas saistīti ar tiem, kas viņam ir vistuvāk. Tikko iznācis trīs gadu cietumsods, vecāks un novājināts Kirju uzzina, ka viņa surogātmeita Haruka ir pazudusi no viņa aprūpētā bērnu nama. Taka ved viņu uz viņa veco stampēšanas laukumu Kamuročo, kur viņš atklāj, ka viņu ir notriekusi automašīna un tagad guļ komā. Lai situāciju padarītu vēl ļaunāku, Kirju uzzina, ka Harukai tagad ir dēls, par kuru viņam jārūpējas. Ar mazuli rokās Kirju dodas uz piejūras pilsētu Onomiči, Hirosimā, lai atklātu patiesību par Haruku, viņas dēlu un draudīgo noslēpumu, ko sevī slēpj Hirosimas jakuza. No nepārspējamā reālisma jaunajā Onomiči vietā ir skaista vieta. , miegaina ostas pilsēta Hirosimas prefektūrā līdz jaunākajai Kamuročo, lielākā sarkano lukturu rajona attīstībai. Tokija, Yakuza 6 ir spēles izcilākais atkārtojums, kurā apvienots rupjš kriminālstāsts, hipersprādzienbīstama cīņa un visi netikumi un traucēklis, ko šīs vietas var piedāvāt.
