Viimane suvi, viimane saladus… Atelier Ryza 3: Lõpu alkeemik ja salavõti jälgib fännide lemmikalkeemikut Reisalin Stouti ja tema vallatuid sõpru nende kolmandal suveseiklusel, mille tegevus toimub aasta pärast 2021. aasta Atelier Ryza 2 sündmusi. : Kadunud legendid ja salahaldjas. Viimane suvine põgenemine leiab Ryza ja sõbrad Kurkeni saarel oma rahulikku elu nautimas, kui kuulevad uudist, et lähedalasuvatesse vetesse on ilmunud salapärane saarterühm. Selgub, et need saared, mida tuntakse Karki saartena, avaldavad nende kodumaale negatiivset mõju, mistõttu Ryza ja ta sõbrad asuvad kiiresti asja uurima. Kuid kui nende uurimine viib tohutu väravani sügaval kummalistes varemetes, kuuleb Ryza oma peas kummitavat häält, mis tahab teda "universumi koodi" juurde juhtida. Kes temaga räägib ja mis asub värava taga?
