Deus Ex: Mankind Divided jälgib otseselt Augi intsidendi tagajärgi – päeva, mil mehaaniliselt võimendatud kodanikelt üle kogu maailma võeti kontroll oma mõistuse ja keha üle, mille tagajärjel surid miljonid süütud inimesed. Aasta on 2029 ja võimendatud tehnoloogiate kuldajastu on läbi. Mehaaniliselt võimendatud inimesed on peetud tõrjututeks ja eraldatud ülejäänud ühiskonnast. Kuritegevus ja terroriaktid on õhukese loori moodi, mis varjab üldist vandenõu, mille eesmärk on kontrollida inimkonna tulevikku...