Far Cry 3 mängijad astuvad Jason Brody kingadesse, üksinda maailma äärel asuvasse salapärasele troopilisele saarele, mis on tsivilisatsioonist ära lõigatud. Selles metsikus paradiisis, kus seadusetus ja vägivald on ainus kindel asi, määravad mängijad, millal, kus ja kuidas mängu sündmused arenevad. Mängijad löövad, hiilivad, plahvatavad ja tulistavad end üle saare maailmas, mis on kaotanud igasuguse õige ja vale taju.