Final Fantasy II-s lõpetab pahatahtlik keiser selle, mis oleks võinud olla igavene rahuperiood. Ta on kutsunud deemonlikust maailmast pärit koletisi maailma üle võimust võtma. Nende rünnakutele alistuvad tuhanded elud, jättes paljud lapsed orvuks. Hävitusest tõusevad üles neli noort ellujääjat, kes võtavad enda peale halastamatu valitseja peatamise ja oma vanemate surma eest kätte maksma.
