Keset neoontulede sära põhjustab tehnoloogiline areng inimesi kaubandusliku mugavuse tõttu. Varjus on käimas sõda Yatagarasu ja Phantom Society vahel. Devil Summoners kasutavad "Deemonite" teispoolseid jõude. Inimkonna andmete salajases meres eksisteeriv digitaalne mõistus on arenenud mõistuslikuks: Aion. Inimkonda kaugelt jälgides arvutab Aion, et maailmalõpuline katastroof on peatselt ees, ja loob kaks agenti, kes sellega võitlevad: Ringo ja Figue. Need Aioni agendid peavad üheskoos uurima maailmalõpuni viivat liblikaefekti ja ennetama seda.
