Lugu saab alguse 6. veebruaril 2036, kui arvutite hulluks läinud õnnetus hävitab palju suuri linnu üle maailma. Massiivset katastroofi nimetatakse "2036. aasta probleemiks", kuid ennustatakse, et sarnane juhtum toimub 2038. aastal. Nii kasutab rühm teadlasi Gaia superarvuti abil "Earth Simulator" loomiseks, et seda vältida, kuid see ebaõnnestub, sest inimeste sünnipotentsiaal on dramaatiliselt langenud. Seejärel tutvustavad teadlased Maa simulaatorile valemit "Arecibo sõnum", mis toob inimkonna edukalt teise maailma. Nad on alguses põnevil, kuni mõistavad, et Maa simulaatoris olevad inimesed lõid ise teise Maa simulaatori. Teadlased hakkavad kahtlustama, et need on tegelikult ainult Maa simulaatori toode, mis pärineb olenditest, kelle asukoht on nende kohal. Lugu keskendub häkkerile Takaoka Pollonile, kellel on võime salvestada ja laadida nagu videomängus. Kasutades oma häkkimise päästikusüsteemi, saab ta sekkuda teda ümbritsevasse maailma.
