Alphadia Genesis pasakoja apie epinį nuotykį su Fray ir jo tyrimo komanda iš Archleign Kingdom, kai jie ketina išspręsti paslaptingą žmogžudystės bylą netoliese esančiame mieste. Po kai kurių pradinių tyrimų prie Fray ir jo bendražygių prisijungia Ghalzabine karalystės delegatai. Dėl to kyla įtampa, nes Archleign ir Ghalzabine karalystės sieja neramūs santykiai nuo į klonus orientuoto „Energi War“ 15 metų prieš bendras tyrimas. Laukia posūkiai, nes Fray ir jo kolegos tyrėjai netrukus sužino, kad gali būti daugiau nei atrodo iš pirmo žvilgsnio šiuo konkrečiu atveju...
