„Cotton Fantasy“ žaidžiamas panašiai kaip ankstesni serijos žaidimai, jo sistemos daugiausia perimtos iš „Cotton Reboot!“. Be tradicinių šoninio slinkimo etapų, žaidime taip pat yra už nugaros matomi lygiai, panašiai kaip „Panorama Cotton“ ir „Rainbow Cotton“. „Reboot“ žaidime naudota „Jewel Fever“ mechanika buvo perdirbta – dabar daiktai krenta nuo priešų, kai juos užpuola magiški burtai.
