Mario ir Luigi mėgaujasi tingia popiete savo namuose, kai išgirsta siaubingą žinią: princesė Peach pagrobta!
Du broliai iškart patraukia į Bowser pilį, kad ją susigrąžintų, tačiau Bowser nustebęs dėl Peach pagrobimo yra toks pat nustebęs kaip ir jie. Tą akimirką pasirodo keistas piktadarys su cilindrine skrybėle ir pagrobia visus, išskyrus Mario.
Tada paslaptingas piktadarys priverčia Peach ir Bowser susituokti, sukurdamas tamsiosios energijos plyšį, kuris grasina suplėšyti visatą. Tik Mario gali išgelbėti padėtį... bet jis negali to padaryti vienas.
Naujausias „Paper Mario“ istorijos skyrius yra ne tik ne iš šio pasaulio... jis iš šio matmens.
Tai, kas iš pirmo žvilgsnio atrodo kaip dvimatis šoninio slinkties žaidimas, nukopijuotas tiesiai iš stilizuotų „Paper Mario“ visatos puslapių, netrukus virsta linksmu dimensijų keitimo platformeriu, įmanomu tik „Wii“ konsolėje.
